Lợi ích mà NTTS là rất lớn, được sản xuất gần với tự nhiên nên nó sẽ đáp ứng được môi trường sống thích họp cho các đông vật nuôi, bảo vệ được môi trường sinh thái và gìn giữ được đa dạng sinh học.
Với những quy chình được bảo đảm nghiêm ngặt trong suốt quá trình sản xuất giống, nuôi trồng, thu hoạch cũng như chế biến, không tác động hoá học không kháng sẽ giúp người tiêu dùng an tâm về sản phẩm của mình.

Là hệ thống sử dụng hình thái và công năng của môi trường tự nhiên, tái sử dụng lại vật phế thải và tận dụng nguồn lợi có thể tái sinh trong hệ thống nay mà không phá hoại hệ sinh thái tự nhiên. Không những thế NTTS hữu cơ còn có tiềm năng tăng độ phì nhiêu, giảm những chất có hại cho hệ thuỷ sinh và vùng đất nơi canh tác theo phương pháp hữu cơ
Là mội cơ hội tiêm năng phát triển cho người nông dân cũng chư cơ hội phát triển kinh tế rất lớn trong tương lai gần. Một bộ phần người tiêu dùng trong nước cũng như quốc tế sắn sàng bỏ số tiền lớn để đảm bảo cho thực phẩm trong bữa ăn của họ !
Khó khăn luôn song song với lợi ích. Lợi ích càng lớn thì khó khăn đối mặt càng cao
Muốn NTTS hữu cơ để có hiệu quả kinh tế cao cần có quy mô lớn, công nghệ tuần hoàn khép kín yêu cầu tiềm lực kinh tế phải cao. Đa số người dân Việt Nam nuôi trong quy mô nhỏ, nguồn kinh tế hạn hẹp, và thông tin kỹ thuật còn thấp nên chưa thấy được hiệu quả.
Bên cạch đó, khi chuyển sang mô hình này người chăn nuôi phải thay đổi tấp quán canh tác, chi phỉ bỏ ra nhiều nhưng thời thời gian hoàn vốn lại dài, chi phí chứng nhận cao, thời gian chững nhận dài, và nơi để cung cấp mặt hàng sản phẩm
Bệnh dịch cũng là một khó khăn vô cùng lớn đối với ngành. Không kháng sinh sẽ rất khó phải đối mặt với các bệnh dịch khi nó nổ ra.
Thuận lợi không nhỏ ở Việt Nam
Việt nam có diện tích ao hồ nước ngọt cũng như nược nợ để nuôi trông thuỷ sản lớn. Người tiêu dùng biết đến sản phẩm ngày càng nhiều và chịu bỏ tiền để mua nó.
Năm 2020, Thủ tướng Chính phủ đã ban hành quyết định 885/QĐ-TTg về việc phê duyệt đề án phát triển nông nghiệp hữu cơ giai đoạn 2020-2030. Theo đó , mục tiêu đến 2025, diện tích NTTS hưu cơ đạt khoang 0.5%-1,5% tổng diện tích NTTS và đến năm 2030, con số này đạt 1,5%-3%.

Nhà nước có chính sách ưu tiên phát triển các vùng sản xuất nông nghiệp hữu cơ tập trung, ưu tiên chế biến các sản phẩm hữu cơ cũng như khuyến khích doanh nghiệp đưa sản phẩm hưu cơ vào hệ thống các siêu thị , cửa hàng tiện ích và chuỗi cung ứng sản phẩm an toàn. và rất nhiều chính sách được triển khai khác đến 2030.
VINODA cũng đã và đang hợp tác một bên có nhưng công nghệ hoàn toàn hữu cơ tạo ra các sản phẩm phục vụ hộ trợ cho NTTS hữu cơ. Giúp giải một khó khăn về dịch bệnh của ngành
Tổng hợp